在现在的不动院所在地,最初建造寺院的时间尚不明确,但是金堂内安放的药师如来坐像等自从平安时代末期就已经存在于寺院内了。之后,在南北朝时代作为足利氏在全国兴建的安国寺之一,在守护武田氏的保护下曾繁荣一时。

 后来随着武田氏的灭亡而衰败。对其进行再建的是惠琼,他作为毛利氏的使僧十分活跃,也曾得到丰臣秀吉的深厚信任,在这样的背景下重建了安国寺,成为不逊于中央大社寺的大寺院。相传惠琼去世后,曾经为福岛正则的神官宥珍来到安国寺,此时,寺的名字定为不动院。不动院内有大量的文化遗产,如金堂等都属于国宝。