JR是指由日本国铁（japan railways）负责运营的火车铁路路线。JR列车一起行车速度分为新干线，特急急行 快速 普通车等车种。各条线路上行驶的车辆颜色都不同。游客在东京最常坐的山手线为绿色，它行驶于东京市中心，呈环状绕东京的主要城区一周，连贯大部分的旅游区域。所有JR火车站内都有绿色窗口，游客可以索取旅游资料。

     除了日本国铁营运的JR线，东京还有许多有地方性企业经营的铁路。东京都内地铁系统主要由“东京meto”和“都营”两家公司经营。东京metro包括银座线  丸之内线 日比谷线 东西线 千代田线 半藏门线 南北线 有乐町线 。都营地铁（TOEL line）包括浅草线三田线 新宿线 和大江户线。

 此外，还有在东京周边运营的小田急电铁，京王电铁，东急电铁等私人铁路。